Zen perustuu historiallisesti buddhalaisuuden perustajan Siddhartha Gautaman valaistumiskokemukseen. Gautama oli intialaisen kuninkaan poika, joka eli 2500 vuotta sitten. Elettyään suojattua elämää yltäkylläisyydessä, hän havahtui kaiken katoavaisuuteen ja päätti ratkaista inhimillisen kärsimyksen ongelman. Kuuden vuoden äärimmäisen etsinnän jälkeen hän löysi vastauksen ja häntä ryhdyttiin kutsumaan Buddhaksi. Hänen opetuksensa levisi kaikkialle Aasiaan ja vähitellen syntyi laaja kirjo varsin erilaisia buddhalaisuuden muotoja.Oivalluksensa jälkeen Buddha ryhtyi opettamaan ja hänen oppilaansa seurasivat häntä.

Kerran Buddha kohtasi tiellä miehen joka kysyi:
”Oletko sinä jumala?”
”En ole”, vastasi Buddha.
”Oletko sitten Arhat?”
”En ole.”
”No mikä sinä sitten olet?”
”Olen hereillä.”
Sana ”buddha” tarkoittaa kirjaimellisesti hereillä.

Zentraditio välittää Buddhan kokemuksen opettajalta oppilaalle. Opettaja johdattaa oppilaan sellaiseen tilaan, jossa tämä oivaltaa itse. Buddhalaisen meditaatiokoulukunnan opetus periytyi Intiassa 24 sukupolven ajan kunnes intialainen Bodhidharma toi sen Kiinaan vanhoilla päivillään. (Dhyana (sanskr), chan (kiina), zen (japani), son (korea) = meditaatio)

Bodhidharman jälkeen opettajuus siirtyi vain yhdelle oppilaalle kunnes kuudes kiinalainen zenpatriarkka Hui-Neng jätti jälkeensä useita opettajia. Tänä aikana zenbuddhalainen opetus muutti muotoaan intialaisille tyypillisestä monimuotoisesta ja metafyysisestä esityksestä kiinalaiselle mielenlaadulle sopivaksi yksinkertaiseksi ja käytännölliseksi opetukseksi. Tuolloin zeniin sulautui taolaisia vaikutteita ja alkoi zenin kulta-ajaksi kutsuttu ajanjakso 800-1200 luvun Kiinassa. Tänä aikana elivät tunnetuimmat zenmestarit, joiden tekemisiä ja opetuksia on kirjattu paljon. Syntyi myös koan-opetusmenetelmä.

Zen on vaikuttanut Kaukoidän taiteisiin kuten runouteen ja maalaustaiteeseen. Zenistä vaikutteita ottaneissa taiteissa näkyy pyrkimys yksinkertaisuuteen. Tämä koskee myös henkilökohtaisia pyyteitä ja tietoisia tavoitteita itse suorituksessa. Esimerkiksi kalligrafian mestari valmistelee välineensä keskittyneesti ja saattaa odottaa liikahtamatta puoli tuntia. Sitten hän tarttuu siveltimeen ja teos syntyy hetkessä.

Japani eli satojen vuosien ajan jatkuvaa sisällissotien aikaa. Samurait eli ammattisotilaat ryhtyivät käyttämään zenharjoitusta voittaakseen kuolemanpelon sekä pystyäkseen herpaantumattomaan kokonaisvaltaiseen keskittymiseen. Tästä syntyi yhteys zenin ja japanilaisten kamppailulajien välille. Aiheesta voi lukea D.T. Suzukin kirjoista (esim. ”Zen and Japanese Culture” ), Trevor Leggett:”Zen and the ways”, Kenneth Kraft:”Zen, Tradition and Transition” tai Eugen Herrigel:”Zen ja jousella ampumisen taito”.

Koska zen perustuu opettajan ja oppilaan pitkään suhteeseen, muovautuvat opetuksen muodot väistämättä persoonallisuuksien mukaan. Vasta aika näyttää, kuinka hyväksi jonkin tietyn opettajan tyyli osoittautuu. Suuret opettajat ovat perustaneet omia perimyslinjoja, traditioita tai ”taloja” kuten Kiinassa sanottiin. Esimerkkejä näistä ovat Kiinassa alun perin syntyneet rinzai- (lin-chi) ja soto- (tsao-tung) traditiot. Niillä on sama päämäärä ja perusta, mutta hieman erilaiset harjoitusmuodot. Soto painottaa hitaasti kypsyvää ymmärrystä eikä yleensä käytä koan-harjoitusta. Rinzai painottaa kensho-kokemuksen merkitystä ja käyttää koan-harjoitusta meditaation intensiteetin lisäämiseksi.

Kiinasta zen kulkeutui mm. Koreaan, Vietnamiin ja Japaniin. Esimerkiksi Japanissa on nykyään (1984) 21 000 temppeliä, 66 luostaria sekä 22 000 pappia. Länsimaihin zen on levinnyt vasta viime vuosisadalla. Ensimmäiset zenopettajat muuttivat USA:han ennen toista maailmansotaa. Myöhemmin useat länsimaalaiset kävivät harjoittamassa zeniä Kaukoidässä ja toivat opetuksen mukanaan. Heidän joukossaan oli mm. useita katolisia munkkeja.

Yhteisbuddhalainen Vesak-juhla zendossa.